______________设立后，清政府有了专门的外交机构；__________成为孙中山领导辛亥革命的旗帜。

总理衙门 三民主义

根据所学知识可知，总理各国事务衙门，简称“总理衙门”，是清政府为办洋务及外交事务而特设的中央机构，于1861年1月20日由咸丰帝批准成立，由奕䜣主持。孙中山在《民报》发刊词中，把同盟会的革命纲领阐发为“民族”、“民权”、“民生”三大主义，合称“三民主义”。 三民主义是孙中山领导辛亥革命的指导思想。因此，题干空处填写：总理衙门、三民主义。